한편 최고회의 의장 박정희는 1962년 5월 14일 대법원장에게 ‘지시’각서 5호를 내려보냈다. 이 지시각서에서 그는 혁명 이래 일부 법관이 아직도 새로운 세계관 확립 없이 돈과 술에 팔리고 정실과 야합하는 등 구질서와 타협했을 뿐 아니라 여전히 낡은 사고방식으로 혁명정신과 동떨어진 재판을 했다고 지적했다. 일부 법관들이 중대한 국가적ㆍ사회적 법익을 침해한 불순분자는 방면하고, 힘이 없어 권리 위에 땅을 치고 우는 약자에 대하여는 무고한 벌을 가하고도 하등의 양심적 가책도 없이 마치 법이 자기를 위하여 존재하는 것으로 착각하고 있다는 것이다. 일본식 교육을 받은 박정희는 당시 사법부를 군대의 법무감실 정도로 여겼다고 한다.
동백림 사건은 중앙정보부가 해외에 있던 피의자들을 우방국 주권을 침해하면서 무리하게 국내로 연행해 와 국제적으로 크게 물의를 빚은 사건이다. 1심과 2심에서는 사형을 포함하여 중형이 선고되었으나 대법원에서는 간첩죄를 비롯해 대부분 무죄가 선고되는 등 파기환송 판결이 많이 나왔다. 윤이상 씨 부인 이수자 씨 등은 재판 과정에 중앙정보부 등 외부의 압력이 작용했다면서 "중정은 재판관과 검사에게 압력을 가했으며 재판관은 집에도 돌아가지 못하고 3일간 호텔에서 감금되다시피 했다"라고 주장했다.
최영도 변호사에 따르면 대법원장이 "놀라시는 척하시는 것" 같았다고 한다. 검찰총장에 법무장관까지 지내, 검찰의 행태를 누구보다 잘 알 만한 대법원장이 이런 사정을 전혀 몰랐으리라고는 믿을 수 없었다는 뜻이다. 판사들이 자부심을 갖고 여태까지 외압에 굴하지 않고 법과 양심에 따라 재판을 해왔다고는 하지만, 이렇게 검찰과 정보기관에서 일일이 판사들의 동정을 감시하고 도청하고 미행하고 은행계좌를 조사하는 것은 피곤한 일이 아닐 수 없었다
적어도 사법파동 이전까지는 상당히 자유롭고 배짱대로 재판을 할 수 있는 분위기를 누렸다. 그 당시 서울형사지법 단독판사는 누구의 말도 듣지 않아서 서울시장보다도 힘이 세다는 말까지 나돌았다고 한다. 그러나 이런 분위기는 오래가지 못했다. 위로는 대법원부터 아래로는 지방법원까지 박정희 정권의 심기를 거스르는 판결이 연이어 나오자 정가와 법조계에는 정부가 어떤 형태로든 사법부를 손볼 것이라느니 정부가 바라는 대로 판결하지 않은 판사들은 다칠 것이라느니 하는 소문이 파다하게 돌았다. 그리고 이 소문은 곧 현직 법관 두 명에 대한 검찰의 영장청구라는 형태로 가시화되었다.
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