르완다 사태의 저변에는 해묵은 종족 갈등이 있다. 르완다는 14세기 이 지역에 진출한 소수 투치족(14%)이 왕국을 세워 토착부족인 후투족(85%)을 지배했다. 그러다가 1916년부터 벨기에의 식민통치가 시작된 뒤 투치족에 대한 벨기에의 철저한 종족 차별 정책으로 두 종족간 갈등이 시작되었다.
1959년 투치족 왕이 죽자 투치족의 한 부족이 정권을 잡고 후투족 지도자들을 살해했다. 후투족이 반란을 일으키자 살아남은 투치족 어린이들이 이웃 우간다로 도망갔다. 1990년 우간다로 망명한 5,000여 명은 르완다애국전선(RPF)을 결성하여 돌아와 르완다를 침공했다. 이후 오랜 내전이 시작되었다.
1994년에 후투족 출신의 대통령 주베날 하비야리마나의 암살 사건으로 50여만 명의 투치족이 살해되었다. 이에 투치족이 반격하여 7월 4일 수도인 키갈리를 함락시켰다. 투치족 반군 조직인 르완다애국전선은 키갈리에서 외부로 통하는 유일한 통로를 차단했다. 이때 수도에 갇힌 6만여 명의 후투족 민간인들은 반군의 보복이 두려워 필사적으로 탈출하기 시작했다.
반군이 르완다 제2의 도시인 부타레와 후투족의 최후 거점인 기세니까지 진격하자 후투족들이 피난을 떠났다. 그들은 주로 키갈리에서 서남쪽으로 약 30km 떨어진 임시정부의 잠정 수도 기타라마시로 가거나 서북부 국경을 넘어 인근 자이르 등지로 피난했다. 피난중 총 300여만 명의 난민이 발생하였고, 극심한 식량 부족과 콜레라 등 전염병으로 많은 난민이 죽었다.