레오나르도는 1519년 5월 2일 프랑스에서 타계했다.
시신은 앙부아즈의 성 플로렌탱 교회에 안장되었다.
매장증명서에는 같은 해 8월 12일에 다시금 매장식이 거행된 것으로 적혀 있다.
1802년 황제 나폴레옹은 원로원의 의원 한 명을 선임하여 앙부아즈의 기념물들에 대한 복구를 명령했는데 당대의 약탈과 프랑스 혁명시기의 만행으로 항폐해졌기 때문이다.
원로원 의원은 성 플로렌탱 교회는 보존할 가치가 없어 보인다고 보고했는데, 그의 말에 의하면 놀라울 정도로 파괴되어 있었다.
묘비들이 나동그라져 있고 무덤은 파헤쳐진 상태였다.
폐허가 된 교회터에서 아이들이 무덤 밖으로 파헤쳐져 나온 뼈를 놀이에 사용할 정도였다.
정원지기가 뼈들을 추스러 모아 정원 모퉁이에 묻었다.
모든 무덤이 파헤쳐졌던 것은 아니었지만 어느 누구도 레오나르도의 무덤이 어느 것인줄 알지 못했다.
아이들이 갖고 놀았던 뼈가 레오나르도의 것이었을 수도 있다.
1863년 시인 아르세느 우사에는 성 플로렌탱 교회가 세워졌던 곳을 발굴해 하나의 완전한 골격을 발견했다.
흥미롭게도 팔이 굽었고 한 손 위에 해골이 얹혀진 상태였다.
시신에서 멀리 떨어지지 않은 곳에 묘석 파편들이 있었는데, 불완전한 글이지만 '레오나르도스 빈치우스 EO DUS VINS(Leonardus Vincius)'라고 짐작할 수 있게 적혀 있었다고 한다.
시인은 해골이 보통 것들보다 컸다고 적으면서 지성인의 것으로 레오나르도의 것이란 심증을 가졌다.
이 뼈는 성 내 성 위베르 예배당에 안치되었고 사람들은 이 뼈가 레오나르도의 것이라고 믿기 시작했다.
그러나 불완전한 글이 적힌 묘석의 파편은 현존하지 않는다.