연보라색 꽃이 가지 끝에 모여 풍성하게 핀다. 쑥부쟁이의 한 종류로, 꽃 모양, 색깔 등이 쑥부쟁이와 거의 비슷하다. 다만, 잎의 톱니나 꽃이 진 뒤 봉오리에 털, 꽃받침의 모양 등으로 구분한다. 식물학자가 아닌 이상 굳이 구별이 필요할까 싶을 정도로 닮았다.
개쑥부쟁이와 유사한 꽃을 가진 것으로는 버드쟁이나물, 민쑥부쟁이, 가새쑥부쟁, 갯쑥부쟁이, 가는쑥부쟁이, 섬쑥부쟁이, 누운개쑥부쟁이, 단양쑥부쟁이 등이 있다. 구분하기가 쉽지 않다.
식물의 이름 앞에 '개' 가 붙은 것은 볼품없고 흔하다는 의미로 붙인다고는 하지만 개망초가 그렇듯 꽃의 모습은 더 풍성하여 전체적인 모습은 훨씬 보기 좋은 경우가 많다. 쑥부쟁이의 꽃말이 '평범한 진리'라고 하니 짐작되는 바가 있긴 하다.