줄거리 : <1편> 가까운 미래의 일본. 실업자 1천만명, 등교 거부 학생 80만명, 교내 폭력으로 순직한 교사 1200명. 실업자가 양산되고, 학생들은 학교를 파괴한다. 자신감을 잃은 어른들은 아이들을 두려워해 강력한 법률 하나를 제정한다. 이름하여 '신세기 교육 개혁법 배틀로얄'. BR법이라고도 하는 이 법률은 전국의 중학교 3학년 학급 중 무작위로 한 학급을 선발, 3일간 무인도에서 친구들끼리 실제로 서로를 죽이는 서바이벌 게임을 벌여 최후의 생존자만이 살아 돌아갈 수 있는 끔찍한 법률이다. 이번 배틀로얄의 대상으로 선정된 3학년 B반의 42명 학생들은 수학여행을 떠나는 길에 무인도로 납치되고, 어리둥절한 학생들 앞에 예전의 담임 선생이었던 기타노 선생이 등장하여 BR법과 전투 규칙에 대해 설명한다.
BR 1의 룰. 1. 반경 10km의 무인도에서 기관총, 단검, 낫 등 각자의 무기를 가지고 서로를 죽여야 함. / 2. 목에 장착된 목걸이를 통해 중앙통제소에서 학생들의 일거수일투족을 감시하게 되며, 억지로 풀려고 하거나 수상한 짓을 하면 목걸이는 자동폭발. / 3. 시간이 지날 수록 제한구역을 늘리며 제한구역에 남아있을 경우에도 목걸이는 자동폭발. / 4.제한 시간은 3일, 오직 한 사람만이 집에 돌아갈 수 있으며, 만약 3일이 지난 후에도 우승자가 가려지지 않을 경우 전원 사살.
이 믿을 수 없는 상황에서 기타노 선생이 떠든다는 이유로 학생의 이마에 칼을 꽂자, 학생들은 그제서야 이 끔찍한 살인극의 참가자가 되어야 한다는 사실을 깨닫게 된다. 각자의 무기를 가지고 흩어진 학생들은 이제 최후의 승자로 살아남기 위해 BR법 규칙에 따라 친구들을 죽이기 시작한다. 나나하라 슈야와 노리코 역시 냄비뚜껑과 망원경이 전부인 그들의 무기를 가지고 배틀로얄에 참가하게 된다. 나나하라는 자신의 곁에 있는 노리코를 지켜주기 위해 노력하지만 둘의 무기로는 역부족이었고, 그때 3년전 대회 우승자로 다시 배틀로얄에 참가한 카와다 쇼고가 나나하라 슈야와 노리코를 도와주면서 셋은 함께 하게 된다.
학급의 친구들은 모두 죽고, 전 대회 우승자인 카와다 쇼고 덕분에 살아남은 나나하라 슈야와 노리코는 기타노 선생을 죽이고 섬을 탈출한다. 하지만 배틀로얄 대회도중 큰 상처를 입은 카와다 쇼고는 죽음을 맞으면서 나나하라 슈야와 노리코만이 살아남지만 기타노 선생을 죽였다는 이유로 살인죄와 살인방조죄로 지명수배를 당하게 되고, 나나하라 슈야와 노리코는 새로운 세상을 찾아 나선다.
<2편> 전국의 중학교 3학년 중에서 무작위로 뽑힌 한 학급을 마지막 한명이 남을 때까지 서로 죽이게 하는 신세기 교육개혁법, 통칭 'BR법' 3일 이내에 자기 이외의 친구 모두를 죽이는 방법 외에는 살아남을 방법이 없는 극한 상황에서 살아남은 사람은 과연 그 뒤에 어떻게 되었을까? BR에서 살아남은 나나하라 슈야(후지와라 타츠야)와 나카가와 노리코(마에다 아키)가 그 섬을 탈출하고 3년. 세계는 테러의 시대로 들어선다. BR법을 시행한 국가에 대항하는 사람들에 의해 수도가 파괴되고 계속되는 혼란에 국가는 나나하라 슈야를 테러리스트의 주모자로 단정짓고 국제지명수배를 내린다.
수도붕괴 1년 뒤. 반BR법조직 '와일드세븐'의 리더가 된 나나하라는 모든 어른을 상대로 선전포고를 하고, 이에 어른들은 나나하라를 말살하기 위해 '정의'라는 이름으로 새로운 게임인 '신세기 테러대책특별법 - 통칭BR2'를 가동시킨다. 전국의 불량학생과 문제아를 모아놓은 시카노토리데 중학교 3학년 B반의 학생 42명은 크리스마스를 맞아 스키학교로 향하던 중 군에 납치되어 군복을 강제로 입게 된 채 군의 거대한 텐트 속에 갇히는데 이들의 담임이었던 리키(RIKI, 다케우치 리키)가 나타난다. 리키는 혼란스러워하는 학생들에게 이들이 이번 'BR2'에 참가하는 학급으로 선정되었다는 사실과 BR2의 룰을 설명한다.
BR2의 룰. 1. 외딴 섬에 본거지를 두고 있는 테러리스트 나나하라를 발견해 죽이면 승리 / 2. 제한시간 3일간 / 3. 2명이 한팀이 되어 치르는 페어 태그매치
이렇게 해서 테러리스트와 싸워야하는 전쟁에 학생들이 강제로 투입된다. 수도의 파괴로 가족을 잃고 나나하라에 대해 복수를 다짐하는 사람과 지원하여 BR2에 참가하는 학생도 있는 상황에서 참가를 거부한 아이들이 그 자리에서 사살되고, 죽은 아이와 같은 출석번호의 아이도 새로운 룰인 '페어 태그매치'에 따라 목걸이가 폭파하여 죽는다. 그리하여 남은 '40명'의 학생들은 6척의 자동조종 보트에 태워져 최전선인 전장으로 보내진다. 격렬하게 흔들리는 보트에 필사적으로 매달려서, 파도에 온몸이 젖어가면서 겨우 섬에 상륙하자마자 테러리스트들의 공격이 시작된다! 섬광탄과 박격포가 빗발처럼 쏟아지는 속에서 필사적으로 총알을 피하는 학생들.
하지만 전신에 총을 맞고 만신창이가 되어버린 아이, 보트에 직격으로 맞은 폭탄 때문에 공중으로 산산히 부서지는 아이들이 속출한다. 나나하라를 죽이기 위해 공격해 오는 사람들이 다름아닌 자신들과 똑 같은 학생들이라는 사실을 모르는 '와일드세븐' 조직은 BR국가에 대해 선전포고를 했던 신념에 따라 필사적으로 공격한다. 격렬한 전투 끝에 살아남은 학생은 단 '26명'. 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 된 나나하라와 학생들의 운명은 어떻게 될 것인가 .