선조의 즉위는 조선 최초로 후궁에게서 태어난 서자가 즉위한 첫 사례였다. 아버지 덕흥대원군 역시 서자였기에 방계가문에 의해 보위가 이어진 첫 사례에 속하며 이런 사실은 평생 선조를 따라다니며 일종의 콤플렉스로 자리매김 하게 되었다.
선조 시대는 이황, 이이로 시작해 기대승, 유희춘, 유성룡, 조식, 이원익, 이순신, 곽재우, 이지함, 허준 같은 온갖 인재들이 줄줄이 빛나던 시대였다. 오죽하면 후대의 실학자 이익이 “우리 나라 인재는 선조 임금 때 가장 많이 나왔다”고 감탄했을까. 오랫동안 이어져 왔던 외척 정치를 밀어 내고 청렴한 ‘선비 정치’를 시작한 시대이기도 하다.
하지만 임진왜란(1592년-1598년)과 이순신, 정철과 기축옥사(1589년) 등 자신의 왕권유지와 강화를 위한 비운이 있었다.