국립국어연구원의 답변 ;
질문하신 것처럼 '껍질'과 '껍데기'는 그 의미에 차이가 있습니다. '껍질'은 '딱딱하지 않은 물체의 겉을 싸고 있는 질긴 물질의 켜'를, '껍데기'는 '달걀이나 조개 따위의 겉을 싸고 있는 단단한 물질'을 의미합니다. 이와 같은 뜻풀이에 비추어 본다면 '땅콩'의 겉면을 싸고 있는 단단한 물질은 '껍데기'에 더 가까워 보이고, '콩과 식물의 열매를 싸고 있는 껍질'이라고 풀이된 '꼬투리'의 뜻풀이는 문제가 있는 것처럼 보이기도 합니다.
그런데 땅콩은 콩과 식물이기는 하나 완두콩과 같은 다른 콩과 식물과는 조금 다른 특수한 경우로 보입니다. 일상적으로도 '완두콩 꼬투리'가 자연스러운 표현임에 반해 '땅콩 꼬투리'는 자연스럽지도 않고 잘 쓰이지도 않습니다. 사전의 뜻풀이는 이러한 예외를 모두 포함하는 것이 가장 이상적일 것입니다. 그러나 모두를 아우를 수 없을 경우에는 일반적인 것에 따라야 하며, 이에 따라 '꼬투리'는 '콩과 식물의 열매를 싸고 있는 껍질'로 뜻풀이가 되었습니다.
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그러니까 다른 콩의 꼬투리는 다 껍질이 맞는데, 땅콩 꼬투리는 예외란 말씀.