토오토 의과대학 외과의사 미나카타 진은 심각한 뇌출열 상태의 환자의 수술을 마치고 휴식을 취하던중 의식불명의 응급환자가 실려 들어온다. 진은 응급환자 뇌속에 커다랗게 자리 잡은 종양을 제거하면서 두개골 안에 들어 있던 태아를 발견 하게 된다. 그는 조심스럽게 그 태아를 적출하는데 의식을 되찾은 환자가 '우리가 있던 세상으로 돌아가자'고 외치며 진과 병실 옥상에서 옥신각신 실강이를 벌이다가 추락한다. 미나카타 진이 정신을 차린곳은 어떤 숲 그리고 살벌하게 칼싸움을 벌이고 있는 무사들, 칼에 맞아 피를 흘리고 있는 무사와 마주하고서야 자신이 에도시대로 타임슬립했다는걸 알게 된다. 부상당한 무사의 머리를 절개해서 치료해주고 콜레라가 창궐한 혼조 후카가와(현재 도쿄 스미다구 지역)마을에 진은 응급 병실을 차려서 쓰러져가는 사람들을 하나씩 보살핀다. 그의 뒤에는 거침없이 뛰어다니는 이름없는 무사, 사카모토 료마가 서로에게 칼을 겨누었던 무사들을 업고 진에게 달려온다. 진의 의술이 한사람의 생명을 살리고 마을과 번 전체를 질병과 죽음으로 부터 해방 시켜준다. 역사에서는 요절했지만 자신의 의술로 살아남은 이들이 미래를 이상한 방향으로 뒤집어버릴지도 모른다는 두려움에 사로잡히게 되는 미나카타 진. 1860년 격변하는 역사의 한가운데 서있게 되는 외과의 미나카타 진 그의 선택은? 그의 미래는? 그리고 에도 막부의 종말은? 사카모토 료마가 꿈꿨던 일본의 미래, 그가 바꾼 미래에서 온 미나카타 진 두남자의 외롭고 치열한 고뇌와 싸움이 시작된다.