원시기독교는 동서로마제국의 분열 이후 분리가 시작되고 특히 8-9세기에 일어난 성상숭배문제를 둘러싼 논쟁과 동로마제국의 성상파괴운동을 계기로 분리가 심화된다. 여기에 기독교계의 주도권을 둘러싼 로마 교황과 비잔틴 황제와의 대립으로 결국 카톨릭과 동방정교로 분리된 것.
1453년 비잔틴 제국의 멸망은 동방정교에게는 시련의 시작이었다. 이슬람세력의 지배를 받게 된 동방정교는 이후 각 지역별로 특색을 가지는, 중앙집권성보다는 지방성이 강한 종교가 되기 시작하였다. 카톨릭이 위계적인 질서가 엄격한 종교로 발달한 반면 정교에선 각 교구의 주교들은 수평적인 관계를 이루고 성직자와 평신도 역시 개인적인 권위는 갖지 않는 수평적인 관계가 발달한다.
이슬람의 지배를 받던 시절 오스만제국은 동방정교의 효율적인 관리를 위해 그 관리를 그리스에 위임, 그래서 동방정교를 그리스정교라도 한다.
하지만 이 시기 이슬람의 지배를 받던 발칸지역과는 달리 독립하고 있던 러시아 정교회가 그리스정교회의 정통성을 부정하고 자신의 정통성을 주장 - 때로는 러시아정교라고도 부른다. 하지만 종교를 주도권의 문제가 아니라 이 지역전체를 아우르는 특성으로 파악하고자 한다면 동방정교라고 부르는게 타당할 듯....
카톨릭의 신학이 이론적이고 추상적이며 논리적으로 파고드는 학문적인 성격인데 비해, 동방정교의 핵심은 신앙, 즉 믿음을 몸소 체험하는 것을 중시하며 기독교 신앙 안에서 몸소 하느님을 배우고 체험하는 것을 중시한다. 그리하여 인간의 세계가 곧 하느님의 세계임으로 성속은 일치한다고 믿는다.
그리스정교는 크리스마스보다는 예수의 부활절을 가장 큰 축일로 여긴다.(기독교의 원죄의식보다는 구원을 더 중시함으로 해서) 그리고 성가라는 것 자체가 마음의 기도이기 때문에 오로지 사람의 목소리로 부르는 성가만이 허용된다. 그리고 가장 특징적인 것 중의 하나고 이콘의 숭배인데 교회 가정 등 어느곳에서나 예배때 사용하고 있다. 이콘은 초기 기독교때는 없었고 2-4세기에 유행하다가 8-9세기 성상파괴때 거의 대부분 파괴되었다. 하지만 9세기 중엽 이후 북쪽의 슬라브족이 대거 비잔틴 제국내로 이동해오면서 이들을 개종시키기 위해 다시 유행, 동방정교의 중요한 예배대상으로 자리 잡았다.
그 외 발칸반도에는 큰 교회가 드문 편인데 그것은 오스만제국이 동방정교도들에게 정교자체는 금지하지 않았지만 이슬람교회보다 크고 화려하게 짓는 것을 금지했기 때문이다. 또한 교회의 문높이를 1M로 제한해서 그 낮은 문으로 기어들어가도록 했다. 따라서 이 지역의 교회는 땅을 파 지면보다 낮은 곳에 교회를 지은 경우를 많이 볼 수 있다.