대개 개나 고양이 등과 같은 동물을 주인공으로 한 영화의 경우, 영화의 스토리는 둘 중 하나다. 좌충우돌 사고뭉치 동물로 인해 벌어지는 사건사고들이 주된 내용이거나, 그렇지 않으면 인간과 정이 들어 피치못할 사정으로 헤어지게 되면서도 끝내는 인간과 동물이 다시 만나게 된다는 내용이 그것이다.
영화 <폴리> 역시 이 두가지 유형의 스토리에서 벗어나지 않는다. <폴리>는 두번째 이야기 형식을 채택하고 있다. 하지만 뻔한 스토리에도 진부하지 않은 것은, 끊임없이 비슷한 구조를 바탕으로 한 러브스토리가 나오면서도 관객들로부터 사랑을 받는 이유와 다르지 않다. 인간이 아닌 동물을 소재로 했지만 주인공이 되는 동물은 주인공이 되는 인간에게는 더 할 나위 없이 소중한 존재다. 가족의 일원과도 같은 어쩌면 나의 외로움을 달래줄 유일한 존재인 동물을 아끼고 사랑하는 것은 당연하다.
'폴리'는 말을 더듬는 5살짜리 꼬마 여자아이의 둘도 없는 친구인 앵무새이다. 같은 또래에 비해 말을 배우는 속도가 떨어지고 그나마도 말을 잘 하지 못하는 마리에게 부모님은 말을 가르치려 하지만 잘 되지 않는다. 하지만 옆에 함께 있던 앵무새 폴리가 단어를 배우고 말을 하면서 마리는 폴리로부터 말을 배운다. 하지만 말하는 앵무새 덕분에(?) 현실과 꿈을 구분하지 못하는 것 같다는 아버지로 인해 폴리는 동물보호소로 맡겨진다.
전당포에서 만난 할머니 아이비. 폴리는 할머니에게서 말이 아닌 인간의 생각을 배운다. 시력을 잃어버린 할머니를 위해 마리를 찾아가기를 포기하고 할머니의 죽음을 지켜본 폴리.
세번째로 만난 인간은 떠돌이 멕시코 가수 이그나시오. 그곳에서 폴리는 동료 앵무새들과 함께 노래하고 춤추며 연예계(?) 활동을 한다. 하지만 좀도둑 베니가 폴리를 훔쳐가고 폴리는 그를 위해 도둑질을 하다 걸린다.
다음으로 넘어간 곳은 동물연구소 레인골드 박사. 박사는 폴리를 이용해 학계에서 뜰 수 있는 기회를 잡고, 연구만 끝나면 마리를 찾아주겠다던 박사의 약속이 거짓말인 것을 안 폴리는 학술발표회를 아수라장으로 만든다.
결국 폴리는 연구소 지하건물 새장에 갇혀 지낸지 오래. 이곳에서 청소부를 하고 있는 러시아 문학박사의 도움으로 폴리는 마리를 찾게 된다. 마리는 이미 어른이 되어버렸고 폴리는 인정하려하지 않지만 어린날 불러줬던 노래를 듣고 그녀임을 알게 된다.
여러 사람을 거치면서 산전수전 다 겪고 인간을 알게된 말하는 앵무새 폴리. 결국 이야기는 예상대로 폴리가 마리를 찾는 것으로 마무리 된다.