주토피아는 디지니 애니메이션으로 전 세계 어린이 뿐만 아니라 모든 사람들의 마음을 사로잡은 작품이다. 주토피아 경찰서의 명콤비 주디와 닉의 활약은 이미 1편에서 봤지만 2편에서는 파트너가 되어서 좌충우돌 흥미로운 이야기를 펼쳐 낸다.

다양한 동물들이 살고 있는 주토피아는 이미 100여 년 전에 링슬리 가문에 의해서 이루어졌다. 그동안에 이 도시에 살고 있던 파충류 뱀들은 사라졌다. 대관절 뱀들은 왜 주토피아를 떠났을까?
주토피아 건설 100주년이 되는 축하 연회장에 돌연 수상한 뱀이 나타나 중요한 유물인 링슬리 저널을 훔쳐 가려는 일이 벌어진다. 저널이 뭐 그리 중요한 유물일까 하는 의구심이 생기면서 하필 왜 뱀이 이 싯점에 나타나는지도 의문이 생긴다.
주토피아 경찰 사상 첫 번째 토끼 경찰인 주디 홉스와 한때는 불법적인 일을 하기도 했지만 주디의 권유로 경찰 사상 첫 번째 여우 경찰이 된 닉 와일드는 파트너가 되어서 사건 현장에 투입된다.

그러나 티격태격하면서 말썽을 부린다고 생각한 서장은 주디와 홉을 파트너 교육을 보내면서 사건에서 배제한다.
그런데, 주디와 닉은 독사 게리를 만나게 되면서 어떤 음모가 도사리고 있음을 감지한다.
우리들이 혐오스럽게 생각하는 스네이크인 게리는 사실은 그 누구 보다도 친절하다. 주토피아에서 쫒겨난 가족들의 명예를 회복하고 다시 그곳으로 돌아가기를 원한다.
주디 홉스와 닉 와일드의 캐릭터는 환상적인 케미를 보여준다. 토끼와 여우라는 편견에 경찰서 내에서도 인정을 받지 못하는 경우도 있고, 수사에서 배제되면서 누명을 쓰기도 한다.
주디와 닉은 서로 다른 점들이 많이 있다. 그러나 서로 이해하고 노력하면서 대화를 하는 과정에서 누구 보다도 더 절친하고 유능한 파트너로 거듭난다.