첫 번째 문제는 모차르트 효과가 일시적이라는 점이다. 공정하게 말하자면, 최초의 연구에서도 이 효과는 단지 10여 분만 지속되었을 뿐 사고 능력이 꾸준히 촉진된다는 언급은 전혀 없었다. 이처럼 최초의 연구는 연구의 한계를 분명히 명시하고 있지만, 이런 중요한 정보가 좀더 넓은 범위의 대중 과학 문화에 유입되면서 유실되었다.
한 발 더 나아가, 최근에는 슈베르트를 모차르트보다 더 좋아하는 경우 슈베르트의 피아노 음악을 들려주면 유사한 상승효과를 얻을 수 있다는 연구가 발표됐다. 스티븐 킹을 좋아한다면 그의 소설을 읽는 것도 상승효과를 가져온다. 이런 결과에 의거하여 연구자들은 모차르트 효과가 사실 일시적 호전 현상에 불과하다고 말한다. 즉 우리의 기분 및 각성 상태(우리의 감정을 일깨우는방법)를 일시적으로 향상시켜 과제 수행에 긍정적 효과를 불러오는 것이다. 또한, 기분을 북돋우기 위해 반드시 모차르트 음악을 들어야 하는 것도 아니다.