이 동굴은 강원도나 경상북도 등지에서 흔히 볼 수 있는 석회암동굴과 같으나, 모암인 석회암의 지질시대와 생성기원은 이들과 전혀 다르다. 강원도 일대의 석회암은 4~5억 년 전 고생대 캄브리아기와 오르도비스기의 따뜻한 바다에서 퇴적된 지층이지만, 금정봉의 석회암은 8천만 년 전 중생대 백악기 동안 호수에서 형성된 퇴적층이다. 호수퇴적층에 형성된 석회암동굴은 세계적으로도 그 예가 많지 않다. 국내에서는 금정봉의 경우가 유일(?)하며, 지금까지 생성과정도 알려져 있지 않다. (p. 47)