그의 침뜸술에 대한 찬반 논란이 뜨거워지고 있다. 김남수 선생은 책에서 침과 뜸 치료의 효능에 대해 자세히 소개했고, 그로부터 치료를 받은 유명 연예인과 환자들도 약물중독으로 인한 언어장애환자, 고혈압환자 등에서 탁월한 효과를 봤다고 증언했다. 김남수 선생은 “침과 뜸이 많은 사람들에게 알려져 건강해졌으면 좋겠다”면서 “항상 치료를 할 때 부작용과 효과를 염두에 두고 있으며, 예로부터 침과 뜸은 전혀 해가 없다”고 밝혔다. 김남수 선생이 70여년간 약 50만명을 임상진료한 ‘현대판 화타’로 불린다고 소개하면서 극찬을 아끼지 않았다. 김남수옹에 대한 의견이 분분하다. 한쪽에서는 김남수옹에 대한 무자격을 두고 비판을 하고, 한쪽에서는 김남수옹을 비판하는 것은 한의사 집단의 밥그릇 지키기로 취급해버린다. 무엇인 옳은건지 사람들은 가치파악이 잘 되지 않는 것일까? 법이 많은 헛점이 있음에도 불구하고 존재하는 이유는 보편적인 가치가 있기 때문이다. 김남수옹와 이전에 이슈가 되었던 장병두옹은 공통점이 있다. 이 두사람, 현재의 의료법상 무면허자로 분류되지만 많은 시간 의료활동을 하였다는 점 그리고 수많은 사람들이 그들의 의학 기술을 옹호한다는 점이다. 무분별한 무면허 행위의 난립을 막기위해 의료법에서 의료행위의 주체는 의료인이라고 못박고 있다. 어쩌면 김남수옹과 장병두옹이 "무분별한" 무면허 의료행위자의 범주에 속하지 않을지도 모른다. 오히려 정규 교육을 받은 의료인들 보다 훨씬 고난이도의 의료행위자일 수도 있다. 하지만 법이라는 규범에 어긋나 있는 특수한 경우를 사회적으로 인정하고 지나간다면 과연 무분별한 무면허 행위의 난립을 막자는 의료법의 주목적은 어디로 가게 될것인가? 제2. 제3의 김남수, 장병두라고 자칭하는 사람들이 무지한 국민들을 현혹하는 사태가 벌어졌을때 과연 이미 국가가 지키지 못한 법률을 근거로 구속력을 발휘할수 있을까? 이런 논의를 한의사의 밥그릇 논쟁 따위로 폄하하는 등의 반대를 위한 반대의 시선으로 삐딱하게 보는 사람들이 많다는 점 또한 유감이다. 수많은 한의사들이 고민하고 연구하고 그래도 어렵다고 하는 침구학을 여기 침 놓으면 낫고 여기 뜸을 뜨면 낫는다는 식으로 될 것 같으면 이 지구상에 병으로 죽는 사람은 단 한명도 없을 것이다. 김남수 옹이 이끄는 ‘뜸사랑’이라는 단체가 단지 몇 개월간 교육을 받아 본인과 본인 가족들에게 건강증진 차원에서 시행하는 것을 넘어 타인에게 무차별적으로 진료를 행하는 행위가 우려스럽다는 것이다.