육상 고고학과 반대되는 개념으로, 바다나 강을 탐사하는 고고학을 말한다. 보통고고학은 지층을 파고 들어가서 유물과 유적을 발굴한다. 하지만 기술 발전에 힘입어 해저 탐사선이 만들어지는 등 수중 고고학도 큰 발전을 이루고 있다. 지진으로 사라진 도시 헤라클 리온이 알레산드리아 연안으로부터 3km 떨어진 아부키르만에서 발견된 사례가 수중고고학의 대표적인 성과다.
한반도는 삼면이 바다이고 고대부터 중국, 왜와 활발한 교류가 펼쳐진 지역이다. 해상 교역뿐 아니라 조운 제도 등으로 연근 해안에서 수많은 배가 다녔기 때문에 수중 고고학이 큰 역할을 할 수밖에 없다.