회암사는 고려 시대에 창건됐으나 정확한 시기를 가늠하기는 어렵다. 고려 말부터 조선 전기까지 왕실의 후원을 받으며 위세를 자랑했다. 인도 출신의 원나라승려 지공선사가 고려에 찾아와 수년간 전국의 사찰을 돌다가 이곳의 지형이 인도의 유명 사찰 아란타사와 같아서 사찰 창건을 제안했다고 한다. 그 제안에 따라 그의 제자 나옹선사가 주도해 절을 크게 지었다고 한다. 고려 말에는 전국 사찰의 총본사 역할을 했고 특히 선종의 본찰이었다. 이성계의 막역지우였던 무학대사도 이곳에 머물렀다.