9회는 의료사고로 딸이 깨어나지 못하는 아버지의 의뢰. 처음에는 의료쪽으로 잘 모르는 김도기 기사와
그 무리가 포기할까 고민하다가 천원짜리 변호사의 천변이 특별 출연하며 다시 의뢰를 조사해보기 시작한다다
그 결과 원장이 직접 수술한게 아니라 의료기기를 판매하는 영업사원이 대리수술을 했었다는 것을 알게 되고 그렇게 의료 사고를 낸 의사는 김도기의 계략으로 영업정지와 압수수색을 당하게 되고, 의뢰인의 딸은 다른 병원으로 이송해서 무사히 깨어나게 된다.
11회부터는 본격적으로 시즌 2의 핵심 줄거리인 1회의 진짜 범인을 찾아가는 내용이 시작되는데 김도기 기사는 10회에 의뢰를 무사히 마치고 돌아가는 길에 차량이 폭발하면서 표면상으로는 사망하게 된다. 살아남은 김도기기사와 무지개 팀은 누가 김도기를 죽이려고 한 자들을 찾아내고자 버닝썬을 겨냥하고 있는 블랙썬으로 취업을 하게 된다.
그 곳에서 블랙썬의 실태를 조사하고 있는 한 기자를 만나게 된다.
본인보다 블랙 썬에 대해서 더 많은 것을 알고 있는 그 기자에게 의뢰를 받으며 함께 수사를 시작하게 된다.
11회부터 16회까지 드라마가 끝날때까지 블랙썬에 관한 내용으로 계속 내용은 진행된다.
블랙썬의 직원으로 잠입한 김도기는 기자가 알려준 내용을 바탕으로 내부 깊숙한 곳까지 들어가서 블랙썬을 조사하다가 죽은 경찰의 볼펜 녹음기를 찾아서 녹음 내용 속에서 죽기 전에 한 말로 힌트를 얻어서 블랙썬의 계획아래 경찰이 숨겨둔 자료를 기자가 찾는다.
블랙썬이 기사화되면서 모두가 알게 되며 블랙썬은 문을 닫는다.
블랙썬까지 문을 닫으면서 경찰청장도 온하준 손에 죽게 되는데 아무 죄 없는 수 많은 여성 희생자를 만들어내고 마약을 판매하고, 온 갖 범죄를 서울 도심 한복판에서 저지른 블랙썬의 구성원들은 처벌을 받았지만 본체는 잡지 못했는 바 김도기는 마지막으로 블랙썬과 취업사기 등을 주도해온 본체를 잡기 위해서 교도소까지 잠입한다.
교도소에서 의뢰인을 지키는 것까지는 성공하지만 김도기 기사와 무지개 택시 일원들은 교구장의 위력에 위기에 처하게 된다.
그러나 장성철 무지개 운수 대표님이 1기 모범택시기사를 호출해서 구사일생한다.
최종 의뢰는 온하준이다.
온하준은 장대표에게 전화를 걸어, '나 같은 놈 의뢰도 받아줍니까?'라며 김도기에게 도와달라고 요청을 한다다
온하준은 나쁜 교구장에게 속아서 이용만 당했을 뿐인데, 본인이 모든 걸 떠안고, 교구장과 함께 교도소 옥상에서 떨어져 죽게 된다.
그렇게 온하준도 죽고, 무지개 택시는 다시 일상으로 돌아가게 된다.