알자르카위가 사망하면서 이라크 알카이다는 다른 작은 무장 그룹들과 여섯 개의 무장 부족들과 함께 무자히딘 수아 협의회‘를 결성하면서 이라크 이슬람 국가(ISI)를 공식적으로 공포했다. 그룹의수장으로는 ‘아부 오마르 알바그다디‘를 선출했다. 그러나 계속되는미군과 이라크군의 공격으로 이라크 이슬람 국가는 안정적인 군사기지나 아지트를 확보하는 데 실패하면서 지도부의 상당수가 사망하게 된다. 2010년 4월에는 ‘오마르 알바그다디‘가 미군의 공습으로살해되면서 조직은 해체되기 일보 직전까지 가는 위기를 맞게 된다.
또한 미군 측에서는 이라크 알카이다와 파키스탄의 알카이다는 거의 단절된 상태라는 발표까지 했다. 당시 이라크에서 미국은 테러 조직들을 거의 섬멸하다시피 하면서 깨끗이 정리할 수 있는 상황이었지만 시리아 내전에 대한 대처를 잘못하는 바람에 아쉽게도 기회를놓쳐 버렸다.
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