고요한 마음의 주인공은 고요한이다. 고요한은 고등학교 선생님이다. 그런데 어느 날 자신의 학교 반 학생중 반에서 일등이고 교사들에게 꺼림찍하는 질문만 하는 윤수가 눈이 충혈된 채 자신에게 상담을 요청했다. 윤수에 대해서 잘 알지 못했던 나는 유명인사인 부모님 사이에서 많은 고민이 있었다는 것을 처음 알게 되었고 자신이 쓴 책에 대한 이야기 등을 해주었고 몇 일 전에 내가 보여주었던 동영상 레밍이 먹이를 찾아 뛰기 시작하면 다른 레밍도 따라 뛰게 되는데 절벽을 맞다았을 때 멈추지 못하고 줄줄이 떨어져 버리는 그 동영상을 몇 번씩이나 보게 되었고 아무리 그것을 반복해서 보았는데 이해를 못해 상담을 요청한 것이었다.
그래서 그 동영상에 대한 의미를 설명해 주는데 윤수는 이해를 못하고 다시 돌아가는데 그 다음날 윤수가 자신의 집에서 자살을 시도했다는 소식을 듣고 고요한 선생님은 자신이 잘못했다는 것을 후회하고 있었다. 그리고 나는 자주 배쪽이 아팠는데 윤수가 자살을 시도했다는 소식을 듣고 쓰러져 병원에 입원을 하게 되었는데 그 때 의사에게 팬크리아틱이라는 말을 자신에게 한 것으로 알고 남은 생애가 얼마 남지 않은 것을 알고 병원에서 뛰쳐 나와 여행을 하기로 마음을 먹었다. 그래서 몽골로 여행을 떠나고 그곳에 사는 친구를 만나러 갔다. 친구를 만나면서 그 친구는 몽골에서 미래밝은 학교에서 교장선생님으로 지내고 있고 그 학교의 학생인 자르갈과 함께 게르 마을로 향한다. 자르갈과 요한은 함께 게르로 가면서 요한이 쓴 책에 대한 내용을 자르갈에게 가르쳐 주면 자르갈은 그 책의 내용에 흥미를 갖으며 듣는다. 게르로 가는 도중 자르갈은 다시 마을로 돌아가게 되고 요한은 스스로 게르를 찾아간다. 요한은 자신의 아버지가 췌장암으로 돌아가시는 모습을 봐왔기 때문에 자신도 똑같을 거라는 생각으로 노트를 쓰면서 아버지의 뜻을 받들기 위해 내 인생을 희생해 왔던 그 노트를 문호의 패스 어웨이에 대해 자르갈에 의해서 듣게 됨으로써 자신의 인생을 아버지의 인생처럼 살아가지 않기 위해 그 평생동안 써온 노트를 불에 태워버리고 패스 어웨이를 해버렸다. 그리고 요한은 다시 길을 떠나고 게르에서 천막을 지어 하룻밤을 새면서 하루하루를 살아가는데 어느 날 태풍을 맞이하게 되고 어려움을 겪게 된다. 그리고 그 태풍이 지나간 뒤에 ㅏ요한은 걷다가 스러졌다가를 반복하면서 사람들이 사는 곳을 찾아가려고 노력하고 있는 그 때 요한의 앞에는 캠핑 트레일러가 보였다. 그 캠핑 트레일러는 뒤집혀 있었고 그 때 어디서 많이 본 캠핑 트레일러라는 생각을 해내게 되었고 이 차는 제럴드 미국인 부부가 타고 있던 차였다. 뒤집혀진 차 안에는 제너럴과 수잔이 있었고 아직 죽지 않은 상태였기 때문에 요한은 구조를 요청하기 위해서 미국대사관에 전화를 하여 Hello라는 말만 남기고 요한은 그 즉시 암흑에 빠지게 되었다. 미국 대사관은 그 전화를 받고 바로 그 위치를 추적하여 구조에 힘썼고 미국인 부부와 요한을 구조했다. 요한은 어느 날 병원에 누워있다는 사실을 알게 되고 수술을 받았다는 것을 알게 되었는데 다행히 췌장암이 아니었다는 사실을 알게 되었다. 최신식 시설을 갖춘 의료시설을 가지고 온 몸을 스캔하여 담석덩어리들을 확인하고 그 모든 덩어리들을 제거했으며 그 때 췌장암이 아니라 급성 췌장염을 앓고 있었다는 것을 알게 되었고
팬크리아틱 즉 췌장암으로 적어도 몇 달 남지 않았다는 말은 자신의 옆 환자에게 했었다는 말을 듣게 되었다. 요한은 죽지 않고 살 수 있다는 것을 알게 되고 다시 학교로 돌아가지 않고
귀국 후 아르바이트를 하면서 돈을 벌며 살아가는 도중에 이마음 선생님께서 매일 메일을 썼던 그 메일을 그제서야 읽게 되었지만 답장은 하지 않았다. 이마음 선생은 답장을 바라진 않았지만 제발 요한 선생님이 이메일을 읽음으로써 살아있다는 존재만을 확인하고 싶어했었다. 그리고 이마음선생은 수업이 끝나면서 메일을 확인하는 것이 습관화가 되어있었는데 요한이 보냈었던 메일이 안읽음에서 읽음으로 바뀌는 것을 보고 이마음 선생은 기분이 좋아했고 다시 메일을 보냈다. 크리스마스에 학생들과 연주회를 여는데 그 곳에 와주길 바란다는 이메일이었다. 요한은 고민에 쌓였으며 일을 하고 있는데 그 때 윤수 어머님께서 요한에게 찾아와 윤수가 선생님을 무척이나 보고 싶어하지만 선생님께서 아무 말 없이 떠났기에 가족들이 모두 찾아다녔다가 아르바이트 하는 곳을 알게 되어 찾아왔다면서 윤수 어머님은 요한과 이야기를 나누며 크리스마스 이마음 선생님의 연주회 때 꼭 뵈자는 말을 하며 돌아가셨다. 크리스마스 연주회가 시작할 당시 이마음선생과 윤수는 요한선생님이 찾아오길 바라며 두리번 거리다가 이마음 선생의 마지막 연주가 시작하기 전에 요한이 나타나며 그 모습을 보고 연주를 마친 다음 기쁜 마음으로 다같이 크리스마스를 맞이했다.
이 본서는 처음에는 흥미롭게 시작이 되었지만 중간중간에 내용이 다른 길로 빠져나가는 느낌을 받게 되었다. 대중들이 읽기에 쉽게 읽히진 못할 것 같다는 점이 보였다. 하지만 인생에 대한 교훈을 확실하게 준다.