소설 속 주인공은 찰리고든이다. 찰리고든은 아서 도너가 운영하는 도너 빵집에서 일하고 있으며, 32살임에도 지적인 능력은 7살 어린 아이 수준에 머물러 있다. 찰리의 삼촌 허먼의 소개로 빵집에 일하게 되었으며, 찰리는 소설 속에서 멍청하고 바보그러운 이미지로 그려진다.
하지만 찰리가 달라졌다. 비크맨 대학교의 제이 스트라우스 박사에 의해서 뇌수술을 받게 되었으며, 호르몬 주사를 병행하면서 찰리의 지적인 능력은 조금씩 조금씩 나아지고 있었다. '경과 보고서'를 '경가보거서' 라고 쓸 정도로 맞춤법을 엉망으로 쓰는 찰리는 아이큐가 무엇인지 모르는 아이였으며, 제이 스트라우스 박사는 그런 찰리 고든을 프로젝트에 활용하게 된다, 특별한 학습 능력을 가지고 있는 특별한 쥐 앨저넌을 활용해 찰리고든의 학습 능력을 높이기로 하였다. 쥐와 사람의 학습 능력 향상, 복잡한 미로찾기가 바로 둘에게 주어진 과제였다.
그렇게 3월부터 시작한 찰리고든에게 떨어진 과제는 점점 더 수준이 올라가게 된다. 미로찾기가 점점 더 복잡해진다는 건 찰리 고든의 지능이 올라간다는 것과 동일한 의미였다. 갑자기 똑똑해진 찰리고든, 기억력이 좋아진 찰리고든에게 치명적인 문제가 있었다. 머리는 남들보다 뛰어난 반면 정서적인 문제는 그에 미치지 못하게 됨으로서, 찰리 고든의 마음 속에는 언제나 나 자신에 대한 고민,자아란 무엇인가에 대한 질문과 마주할 수 밖에 없었다. 빵가게에서 일하면서 그동안 자신이 몰랐던 것들이 눈에 보이기 시작하였고, 같이 일하는 짐피의 잘못된 행동을 알게 된다. 하지만 찰리는 한가지 모르는 것이 있다. 빵집에서 찰리는 쓴 것은 찰리가 똑똑하지 않아서 였다. 똑똑해진 찰리는 빵가게 점원으로 일할 수 없게 된 것이다. 하지만 찰리는 자신에게 놓여진 상실감을 어떻게 처리해야 하는지 알 수가 없었다. 지적인 능력 향상은 사회적 교감 능력도 같이 향상되어야 하지만, 찰리는 사회적 교감능력은 제자리였다.
그렇게 찰리는 스스로 흔들리는 삶을 살아게 되고, 지적인 능력은 점점 높아진다. 세상의 모든 것을 스스로 받아들일 수 있었고, 덩달아 제이 스트라우스 박사의 명성도 올라가게 된다. 여기서 그것이 다였다. 찰리의 지적인 능력을 올려주었던 앨저넌이 점점 더 퇴화되고 있었고, 미로를 찾지 못하게 된다. 그건 찰리 또한 마찬가지였으며, 찰리는 앨저넌과 공동 운명체였으며, 찰리는 다시 과거의 7살 어린 아이의 지적인 수준으로 되돌아가게 된다.
장애아이를 가진 부모님은 내 아이가 정상아이가 되기를 원한다. 정상 아이란 지적인 능력이 정상화 되는 것이다. 그렇지만 우리가 간과하고 있는 사실이 있다. 지적 능력과 정서적 발달이 같이 따라가지 않는다면, 찰리와 같은 상황이 나타날 수 있으며, 세상에 대한 편견과 차별을 고스란히 몸으로 부딪치게 되고, 감당할 수 없는 지경이 이를 수 있다. 우리에게 당연한 것들이 소설 속 주인공 찰리 고든에겐 당연하지 않다는 걸 이 소설을 통해 느낄 수 있으며, 이 소설이 우리에게 던지는 메시지가 무엇인지 곰곰히 생각하게 되었다.