야스쿠니 신사의 본질적인 문제점은 신사의 종교의식에 있다.
야스쿠니 신사에서 행해지는 종교의식 중에 초혼식에 대해 알아보자.
일본의 토착신앙 신도(神道)에서는 사람이 죽으면 그 영혼이 죽은 자리에 그대로 머물러 있다고 가르친다. 그래서 그렇게 믿는 일본인들이많다. 신도는 전생이나 내세가 없고 현세에서의 성공을 중심으로 여기는 기복 신앙이 교리의 중심인데 영혼의 존재를 인정한다. 그리고 죽은영혼들이 죽은 자리에 남는다고 하는 것이다. 그러니 아시아를 침략하면서 중국이나 러시아, 동남아 등지에서 전사한 영혼들은 그 지역에 머물러 있다. 그러므로 일본 전사자들의 영혼을 야스쿠니 신사로 불러들이는 초혼(招魂) 의식을 거행하는 것이다.
그다음 그 영혼들을 위로하는 위령제를 실시하고, 이어서 현창식이라는 의식을 거행한다. 현창(顯彰)이란 전사자들의 생전 행위를 칭찬하고 미화하여 정당화하는 행위를 가리킨다. 말하자면 전사자들의 자랑스러운 희생으로 말미암아 지금의 일본이 있게 되었다고 선언하는것이다. 현창식의 목적은 전사자의 영혼을 충분히 만족시켜 죽음으로인한 원한을 풀어주는 데 있다. 원령을 선하고 훌륭한 영혼으로 바꾸는 의식이 위령제와 현창식이다. 이렇게 원령을 선한 영혼으로 바꿔야만이 그들을 신으로 승격시킬 수 있다고 한다.