이시이 시로는 패전 이후인 1945년 11월 연합군과 거래를 시작했는데, 연합군사령부에 생체실험 자료를 넘기는 것을 조건으로 731부대원 전원에 대한 전범기소를 면하였다. 이시이는 전후 도쿄대학 교수 및 학장 등을 역임했고, 대다수 의료진 역시 대학교수로 활동한 바 있다. 731부대의 잔혹상은 미국의 묵인으로 역사 속에 묻힐 위기였으나, 1949년 12월 소련 하바로프스크 군사재판 과정에서 731부대의 활동이 일부 밝혀짐에 따라 그 실상이 세상에 알려지게 된 것이다.