5·18특별법은 해방 이후 한 번도 제대로 과거 청산을 하지 못한 한국 역사에서 5·18민중항쟁의 진상을 규명하고 책임자를 처벌할 수 있는 법적 근거를 마련했다는 데서 그 의의가 크다. 특히 헌정 질서 파괴 행위에 대해 예외 없는 처벌 규정을 명문화함으로써 12·12나 5·17과 같이 ‘성공한 쿠데타’라 할지라도 그 성공 여부에 관계없이 반드시 처벌한다는 사실을 분명히 했다. 앞으로 군사 반란 및 내란죄, 집단학살죄를 저지른 자에게는 형사소송법상의 공소시효 적용 자체를 아예 배제하도록 하여 다시는 유사한 범죄가 재발될 수 없도록 했다.