검사동일체 원칙은 모든 검사가 하나의 의사로 행동한다는 개념이다. 원래는 검찰의 일관성과 통일성을 보장하기 위한 제도였으나, 한국에서는 상명하복의 권위주의적 조직 문화를 정당화하는 도구로 변질되었다. 개별 검사의 독립성과 자율성은 무시되고, 조직의 결정에 무조건 복종해야 하는 구조가 만들어졌다. 이는 검사 개인의 양심과 판단을 억압하는 결과를 낳는다. 설령 개별 검사가 올바른 판단을 내리려 해도, 조직의 압력 앞에서는 무력해질 수밖에 없다. 결국 '좋은 검사'가 되려는 개인의 노력보다는 조직의 논리가 우선시되는 구조다.
한국 검찰 개혁의 핵심은 수사권과 기소권의 분리에 있다. 현재 검찰이 수사와 기소를 모두 담당하면서 발생하는 문제들을 해결하기 위해서는 이 두 기능을 분리하는 것이 불가피하다. 2024년 발표된 검찰개혁안은 기존 검찰청을 폐지하고 공소청과 중수청을 신설하는 내용을 담고 있다. 공소청은 기소 업무만 담당하고, 중수청은 중요 범죄 수사를 전담하는 구조다. 이는 78년 만의 근본적 변화로, 성공할 경우 한국 형사사법 체계의 패러다임을 바꿀 수 있는 개혁이다. 하지만 제도 변화만으로는 충분하지 않다. 새로운 기관들이 기존 검찰의 폐해를 답습하지 않도록 하는 견제 장치와 문화적 변화가 뒷받침되어야 한다. 특히 정치적 중립성을 보장하고, 시민사회의 감시를 받는 투명한 운영 체계를 구축하는 것이 중요하다