2095년 인디고의 수용소에서 금환일식 5일전 완전자유연대 집단에 의한 폭동이 터지고 요주의 수감자인 4인의 인디고가 탈옥을 하게 되고 푸른살로 희생된 시신이 변한 푸른나무를 제거하는 작업을 수행하던 휴머노이드인 '레미'와 그가 작업했던 푸른나무의 아들 '동수'가 탈옥한 인디고들에게 납치되면서 사건이 시작 된다. 이 소설은 주인공인 '드레스덴' 경감의 시각을 중심으로 사건의 발단, 전개, 전환, 절정, 결론 과정까지를 빠짐없이 그리고 있다.
인디고의 수용소인 국제교도소에서 탈출한 4명의 인디고에는 무려 2억명의 인간을 살해한 누명을 쓰고 갇히게 된 푸른살 전문가인 아이버스터, 푸른살의 정교한 이식 수술전문가 샬라탄, 해킹의 천재 러브버그, 그리고 이들3인과는 독립적으로 탈출하다가 실패하여 사망한 헌터가 있었다. 이들 인디고들은 결론적으로 아이버스터의 누명에 대한 복수를 위한 수단으로 활용되도록 계획되었고 경찰이나 수용소 내부인력 중에서도 아이버스터의 추종자들이 적극적으로 지원세력이 되어 아이버스터의 지시를 받아 움직였다. 이들 탈옥수 인디고들은 철저하게 은폐된 아이버스터의 지령에 따라 움직이게 되고 결국은 임무가 끝나게 되면 제거 되며 아이버스터의 당초의 계략대로 사이보그의 몸을 갖게된 아이버스터는 복수를 위한 인류멸종 작업을 추진하게 된다.
한편 탈옥사건의 수색과 인디고 검거를 책임지고 있는 드레스덴은 정보부로부터 파트너로 파견되어 업무를 같이하게 된 인조인간(사이보그) '정한결'을 만나면서 사건의 진실을 서서히 알아나가게 되는데 10년전 2억명의 인류를 죽게한 '섬광대학살'의 범인이 사회일각에서 이야기하는 '아이버스터'가아니라 정부였음을 깨닫는다. 아울러 사이보그 한결이 아이버스터가 그렇게도 살리고 싶어했던 아이버스터의 친누나였음도 알게 된다. 이러한 누명과 오해의 '섬광대학살'이 초월동아시아 연방연구소에서 인공인디고의 제작실패의 결과였음을 사후 당시 연구소장이던 안소장의 홀로그램증언을 통해 자세히 듣게 된다.경찰관 중에 완전자유연대에 포섭된 일원 남경위를 처단하고 한결의 활약으로 아이버스터의 추적은 급물살을 타게되고 마침내 그를 제거할 계획을 한결과 함께 세우게 된다.
최후의 결전장인 미륵유원지에서 아이버스터와 드레스덴의 격투가 있게 되는 데 사이보그가 된 아이버스터의 무력에 속수무책으로 당하고 아울러 아이버스터의 오해를 풀기 위한 설득마저도 결국 실패하면서 사건은 아이버스터의 당초 계획대로 윈공위성을 활용한 전인류 멸종작업이라는 수순을 밟게 된다.
마침내 사건의 종결자 한결이 나타나 동생인 아이버스터와 동반 자폭하면서 사건은해피엔딩의 막을 내린다
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푸른살은 종식되게 되었고 이로 인해 새로운 갈등이 생겨나게 되었다. 바로 악당이 누구인지 알아채기가 어렵게 되자 범죄가 증가하게 되고 새로운 불안이 생겨난 것이다. 과연 인간 개개인을 악당인지 착한사람인지 바로 알 수 있는 사회가 진정 인간적이고 인권이 존중되는 바람직한 사회일까?