신 후보생들의 수업은 계속되고 후보생들은 지구를 본떠 만든 18호 지구의 기초를 다지게 된다. 지구에 필요한 광물이나 동물, 식물, 인간을 만들고 신 수업을 가르쳐주는 12신의 가르침을 받아 개성과 사상을 반영한 종족을 만들었다. 미카엘은 돌고래를 씨족으로 삼는다. 이렇게 하나의 문명을 만들고 탄생시키는 것이 신이 하는 일로 신 후보생들이 배우게 되는 것이지만 게임이 진행될수록 신 후보생들의 뜻과는 달리 18호 지구의 문명은 1호 지구의 문명과 닮아간다는 것이다. 1호 지구에 살았던 수메르인, 스키타이인, 메디아인, 아카디아인 등 이들은 모두 사라졌다. 18호 지구도 1호 지구처럼 사라질 운명의 문명이 될 수 있다는 것이다. 미카엘은 자신이 만든 종족을 살리고 싶다. 미카엘은 무엇을, 어떻게 해야 할까? <신 제2부: 신들의 숨결>에서도 신 호부생들 살인사건은 계속해서 일어나고 미카엘에겐 살인사건뿐만 아니라 더 많은 문제들이 생기게 된다. 자신이 만든 돌고래족과 다른 후보생들이 만든 씨족들이 사라질 위기에 놓이고, 스승인 여신 아프로디테와 사랑에 빠지고, 살신자가 언제 어디서 나타날지 모른다. 이 모든 문제들이 미카엘 팽송이 해결해야 할 문제들이다. <신 제2부: 신들의 숨결>에서는 그리스 로마 신화의 올림포스 12신외에도 많은 신들이 등장한다. 그리스 로마 신화를 좋아하는 독자라면 이 베르나르 베르베르의 <신>도 재밌게 읽을 수 있을 것이다.