실험의 방법으로 대조군과 비교하지 않고서 35명 학급이 집단 따돌림, 교내 폭력, 등교 거부와 같은 인과효과를 가지는가를 밝히기란 지극히 어렵다. 또한 재무성은 소수인원 학급의 목적은 ‘집단 따돌림, 교내 폭력, 등교 거부를 줄이는 것‘임을 암암리에 전제하고 있다. 그러나 과연 그것이 전부일까? 오히려 학습능력, 진학, 졸업 후 소득 등 다른 교육성과에 대한 영향에 더큰 관심을 가지고 있는 것은 아닐까?
재무성이 40명 학급으로 되돌리려 하자 문부성은 "국제적으로 비교할 때 일본 교사들은 업무가 많고 바쁘다. 35명 학급을계속 유지하지 않으면 아이들을 세심하게 지도하기 어렵다"라고 반론을 펼쳤다. 그러나 교사가 바쁘고 노동시간이 길다고 해서 업무를 효율화하는 방법을 취하지 않고 교사의 수만 늘려서는 한이 없다.
유감스럽게도 일본에서는 실험을 통해 교육 정책의 효과를측정하는 일이 거의 없다. 따라서 소수인원 학급에 대한 논의에서도 신뢰할 수 있는 데이터와 분석을 기초로 한 과학적 근거가거의 제시되지 않고 있다.