프리스비 부인은 네 아이들의 엄마이자 들쥐 가족의 가장이다. 겨울엔 먹을것이 남아 있는 사람들이 살고 있는 채소밭밑, 땅속에 살고 있는데 봄에 밭을 갈아 엎기 전까지만 지내고 이사하여 시냇가에서 여름을 보낸다.
올해도 이사갈 날이 다가왔지만 셋째아들 티모시가 병이나 오도가도 못하는 상황에서 남편의 오랜친구인 에이지스 박사와 숲속 올빼미에게 도움을 청한다.
올빼미는 장미덩굴 속에 살고 있는 시궁쥐들이 이사를 도와줄꺼라며 가보라고 한다.
시궁쥐들과는 아무런 관계가 없다고 생각했던 그곳에서 프리스비 부인은 그들과 남편의 비밀을 알게된다.
이 이야기는 도시 변두리의 한 농수산물 시장에서 먹을것 걱정없이 살던 시궁쥐들이 니임(NIMH : 미국 국립정신건강연구소)으로 잡혀가면서 시작되었다.
실험용 쥐로 잡혀간 그들은 매일 무언지도 모를 주사와 훈련을 받았다.
니임의 연구원들은 시궁쥐들과 들쥐에게 늙지 않고, 글을 읽고 쓸수 있으며 사고를 할 수 있는 쥐들로 훈련시켰다. 결국 너무 많은 것을 알게된 시궁쥐들은 똑똑한 두뇌로 탈출을 하게 된다.