헌법재판소가 정치 성격이 짙기는 하나, 그 본질은 사법기관이므로 헌법재판소와 법원은 담당하는 사법권의 영역만 다를 뿐, 어느 한 기관이 다른 기관에비해 우월한 지위에 있는 것이 아니고 대등한 지위에 있다. 현행 헌법도 법원과헌법재판소를 제5장과 제6장에서 구분하여 규정하고 있다. 헌법재판소법도 헌법재판소장의 대우와 보수는 대법원장의 예에 의하며, 재판관의 대우와 보수는 대법관의 예에 의한다고 규정하고 있다(제15조). 따라서 헌법 및 법률상으로는 양자는 대등한 관계에 있다고 할 수 있다.
다만, 대법원장이 헌법재판소 재판관 3인을 지명하도록 되어 있어(헌법 제111조 제3항), 이 점에서 대법원이 헌법재판소보다 우월한 지위에 있는 것이 아닌가하는 의문이 있을 수 있다. 더욱이 대법원장이 대법관 경력이 없는 법원장급 판사들을 재판관으로 임명하는 사례가 반복되고 있다는 점도 이러한 의문을 더욱강하게 하고 있다. 그러나 이는 1987년 헌법재판소를 새로 설치하면서 현존하는 사법부의 수장인 대법원장에게 경력과 인품이 뛰어난 법관 중에서 재판관을임명하여 줄 것을 요청하였다는 연혁상의 의미가 있고, 후자의 문제는 법제도상의 문제가 아닌 사실상의 문제이므로 이 점만으로 대법원이 우월하다고 할 수는 없다.
우리나라의 경우, 민사 · 행사 · 행정소송법에 헌법재판소법이 준용할 수 있는입증책임에 관한 규정을 두고 있지 않다. 실무와 학계에서는 입증책임의 전환등(의제나 추정 규정이 그러하다) 특별히 입증책임을 규정하고 있는 법률조항이 있는 경우 외에는 Rosenberg의 요건사실분배론‘에 따른다는 데 거의 이의가 없다. 가령 고의의 입증책임은 검사에게 있고, 법률행위의 무효나 취소는 이를 주장하는 자에게 있다는 것이다.
이러한 논리를 헌법재판에 그대로 가져오면 법률의 위헌성을 주장하거나 기본권 침해를 주장하거나 권한의 침해를 주장하는 심판청구인이 입증책임을 부담하는 것이 원칙이다. 헌법재판소도 "기본권 침해의 반복의 위험성이란 어디까지나 추상적이거나 이론적 가능성이 아니라 구체적인 것이어야 할 것인바, 피청구인측에 의하여 청구인들의 기본권이 반복적으로 침해될 위험성이 존재하고 또한그 위험성이 다른 국민보다 더 크다 할 구체적 사정이 있다는 점에 대하여 청구인이 이를 입증할 책임이 있다"고 하였다(헌재 1991. 7. 8. 89헌마181). 그러나 좀더 깊게 들어가면 우리 헌법재판소도 (비록 실제 헌법재판에서 문언 그대로 심리, 판단하는지는 의문이지만) 미국의 이중기준의 원칙과 유사한 ‘입법사실에 관한 입증책임론‘을 전개하면서 청구인이 침해당하였다고 주장하는 기본권의 성격에 따라입증책임과 헌법재판소가 이를 대체할 수 있는지를 상세히 설시한 바 있다."
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헌법재판의 본질을 정치적 사법작용으로 보는 것이 다수
견해임은 이미 살펴보았다. 헌법의 강한 정치성과 헌법재판이 정치 관련 문제를 많이 다룬다는 점,나아가 헌법재판소의 구성이 정치권의 영향을 강하게 받고 있다는 점에 비추어
헌법재판소의 정치 성격을 부인할 수는 없다.
그러나 현행 헌법상의 헌법재판소는 재판관의 자격을
법관 자격을 가진 자로 한정하고 있고, 심판절차도
사법절차에 따르도록 하고 있기 때문에 헌법재판소는
그 바탕은 사법기관이라고 하겠다. 헌법재판소가 사법기관이라고 한다면 사법권을 갖는 법원, 특히 대법원과의관계가 문제된다.
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