사법부는 과거사 청산에서 이중적인 지위에 놓여 있었다.
그동안 해왔던 판결들을 포함한 사법부 자체의 과거사를 어떻게정리할 것인지의 문제와 더불어 국가기관 전체의 과거사 문제에대한 형사 재심과 민사적 배상 및 보상의 문제를 어떻게 처리할 것인지의 문제에도 직면한 것이다.
이용훈 대법원장은 2005년 9월 취임사에서 "독재와 권위주의 시대를 지나면서 사법부는 정치권력으로부터 독립을 제대로 지켜내지 못하고 인권보장의 최후 보루로서의 소임을 다하지 못한 불행한 과거를 가지고 있다"라고 하면서 권위주의 시대에 국민 위에 군림하던 그릇된 유산을 깨끗이 청산해야 한다고 말했다.
이용훈 대법원장은 "과거사 정리 방법을 크게 세 가지로 보았다. 우선은 재심을 통하는 방법이고, 두 번째는 법원 내에서 인적 청산을 하는 방법, 세 번째는 과거사위원회 같은 기구를 만들어 조사하는 방법이었다". 이중에서도 "사법권의 독립이나 법적안정성 같은다른 헌법적 가치와 균형을 맞추려면 재심 절차를 통해 판결을 바로잡는 길밖에 없다"고 여겼다. 그렇기에 그는 사법부 자체의 과거사 중 그동안 선고했던 형사판결에 재심사유가 있으면 재심을 받아들여서 새로 재판하는 것에 집중하기로 했다. 나머지 문제들은법원이 할 수 있는 ‘가장 원칙적이고 효과적인 방법‘이 아니라는것이었다.
문제는 2007년 1월 진실화해위원회가 유신시절 긴급조치 판결에참여한 판사 492명의 실명을 공개한 데 대하여 ‘방식의 적절성 여부를 떠나 우리 사법부의 과거를 되새기는 계기로 삼고자 한다‘고언급한 공보관실의 보도자료 수준으로 정리되었다. 그동안 사법부가 해왔던 판결 전반에 대한 반성은 2009년 말 사법부가 『역사 속의 사법부』를 펴내면서 주요 시국사건들을 간단히 언급하는 것으로 그쳐버렸다. 과거사위원회 같은 기구를 만드는 것은 처음부터논의되지도 않았다. 과거사 정리에 대한 이용훈 대법원장의 의지가 철저하지 못했다든지‘ 과거사 청산 작업에 대한 일말의 기대가산산이 깨졌다는 비판이 있을 정도로 용두사미에 그쳐버린 것이다. - P136
그러나 ‘사법권의 독립이나 법적안정성 같은 다른 헌법적 가치와 균형을 맞추‘기 위해 선택된 이러한 재심절차를 진정한 과거사청산으로 볼 수 있을 것인가는 의문이다. 재심은 형사소송법에 명시해놓은 재심의 사유에 해당해야만 개시된다. 재심 청구가 있어서 이를 심리했더니 타당한 사유가 있다고 판단되었고, 그에 따라 재심 판결을 한 것인 이상 당연한 판결을 당연히 한 것뿐이라고 볼여지가 있다. 예를 들어 조봉암 사건의 재심은 ‘원래의 사건에 관여했던 사법경찰관 등이 그 직무와 관련해 죄를 범한 것이 판결로증명되거나, 공소시효의 완성 등으로 판결을 얻을 수 없는 때‘에 해당해야 한다는 재심사유에 따라 개시되었다. 육군 특무부대 수사관이 민간인인 조봉암 등을 수사할 권한이 없는데도 수사한 것이 직권남용죄가 되므로 재심사유인 ‘원래의 사건에 관여했던 사법경찰관 등이 그 직무에 관하여 죄를 범한 것‘이 된다는 것이다.
그렇다면 이는 재심의 법리를 새롭게 확장한 것도 아니고 과거 대법원의 판결에 대해 반성한 것으로 보기도 어렵다. 다만 판결의 마지막 부분에서 재심 판결의 역사적인 위치를 언급하고 있는 것이좀 특별했을 뿐이다. - P138