미토콘드리아와 엽록체에 대한 증거는 확고하다고 할 수 있다. 둘 다 거의박테리아 정도의 크기를 가지고 있다(원핵세포는 진핵세포보다 훨씬작기 때문에 진핵세포 안에 여러 개의 원핵세포가 쉽게 들어갈 수 있다). 모양과 기능도 박테리아와 비슷하다. 또한 독자적인 유전 암호를 가지고 있다(진화 과정을 통해서 대부분의 유전물질을 핵으로 이전시켰기 때문에 현재는 최소의 양만을 가지고 있다). 이 모든 사실들은 조상이 본래 독립적인 생활을 했다는 것을 말해준다. 그렇기 때문에, 광합성 박테리아에 의해 직접 방출된 것이든, 진핵세포 내부에있는 박테리아 후손에 의한 것이든, 대기 중의 산소는 오늘날까지도 박테리아의 산물이라고 할 수 있을 것이다.
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