쌓여가는 의심들이 그를 괴롭혔다. 지고하게선한 빛의 힘이 어둠과 대적할 때 그토록 약하고 무능한 것이 되고 만다는 마니의 주장은 참으로 옳을까? 그토록 힘없고 비천한 신을 어떻게 숭배할 수 있단 말인가? 더욱이, 마니교의 신화에서는 두 개의 위대하고 선한 빛인 해와 달에큰 역할을 부여하고 일식과 월식에 대한 신화적 설명조차믿어야 할 교리로 가르쳤다. 우주의 끔찍한 전투 현장을 보이지 않게 하려고 해와 달이 특별한 베일을 쓴다는 것이다.
아우구스티누스는 이러한 마니교의 설명이 당대 최고의 천문학자들이 하는 설명과 어긋난다는 것을 알고 고뇌에 빠졌다. 정통 그리스도교의 교리에서 신화적 내용을 제거하더라도 여전히 매우 중요한 무언가가 남겠지만, 마니교는 그렇지않다는 생각이 들었다. 마니교에서는 여전히 신화가 핵심을이루고 있었기 때문이다. 그는 이제 마니교라는 이단의 환상에서 벗어나기 시작했다.