푸른색 거대 머리를 가진 메가마인드는 태어날 때부터 악당은 아니었다. 우주 행성에 위기가 닥치자 부모는 메가마인드를 지구로 탈출시키는데 메트로맨도 같이 지구로 보내졌다. 이때부터 둘의 얄궃은 운명은(악당과 영웅)은 시작됐는데, 여유로운 중산층 가정에 무사히 도착한 메트로맨과 달리 메가마인드가 떨어진 곳은 우락부락한 범죄자들이 득실대는 교도소 였다. 메트로맨이 하늘을 날고 사람들을 도와주는 능력을 익히는 동안, 메가마인드는 범죄환경에서 자랐으니 매일 배우는건 나쁜 짓일수밖에 없었다. 또 그쪽 방면에서 탁월한 재능을 발휘했으니 악당이 될 확률이 높았다. 그래도 이때까진 메트로시트를 벌벌 떨게 만드는 악당은 아니었고 오히려 정에 굶주린 가여운 꼬마였다.친구들과 친하게 지내고 싶고 도움을 주고 싶지만 흉측한 외모와 나쁜 재능 때문인지 아무도 가까이 하지 않았다. 오히려 왕따를 시키기 일쑤였고, 잘하려고 할수록 자꾸 말썽만 일으킨 꼴이 돼 미움만 사게 됐다. 반면 메트로맨은 잘생긴 외모와 약간의 재능에도 열화와 같은 반응을 불러일으키고 영웅으로 추앙받으니 메가마인드가 악당으로 변하는것도 무리가 아니다. 모든 탓을 메트로맨에게 전가하는건 아니지만 그래도 일정부분 자극을 주었으니 말이다.
최고로 나쁜 악당이 되겠다고 선언한 메가마인드는 당연히 메트로맨과 숙명의 라이벌이 됐는데, 한번도 이기질 못했다. 최고로 나쁜 짓을 해도 언제나 이기는건 영웅의 몫이었고 악당은 영웅을 빛나게 해주는 조연일 뿐이었다. 이 과정을 지켜본메트로 시티 시민들은 자신들을 도와주는 메트로맨을 사랑할수밖에 없었고 그가 없으면 도시의 평화는 없다고 말했다. 그래서 메트로맨 박물관까지 만들며 그를 추앙하는데, 이런 행사를 가만히 지켜볼 메가마인드가 아니다. 메트로맨과 친한 여기자 록산느를 납치해 메트로맨을 끌어들인다. 행성에서 지구로 온 것, 초능력, 여기자 같은 소재들이 슈퍼맨과 흡사한데 딱 거기까지다. 슈퍼맨이 악당에게 지는 법은 없는데, 이 영화에선 메트로맨이 너무도 간단하게 져 버린다.
메트로시티 시민들 뿐 아니라 메가마인드 조차 놀라 자빠질뻔한 결과가 발생한 것이다. 영웅을 이겨보려고 그동안 수없이 록산느를 납치하고, 약점을 찾기위해 애썼는데 의도치않게 그를 이겨버린 것이다. 그토록 원했던 달콤한 승리가 드디어 맛보게 됐고 이제 메트로 시티는 자신의 것이 됐다. 충실한 물고기 친구 미니온과 함께 도시를 휘젓고 다니며 기쁨을 만끽하고, 시민들은 악당이 점령해버린 도시에서 희망을 찾지 못한다. 이제 메가마인드는 악당들이 매일 말하는 '세계정복'을 위한 첫단추를 잘 꿴 셈이 됐다. 하지만 원래부터 심성이 나쁜 사람은 아니었던터라 메트로맨을 없앤 후의 계획은 세우지도 않았다. 더 나쁜 일을 해도 되고 다른 도시를 점령해도 될 테지만 오히려 풀죽어서 지낸다. 그가 없으면 하루가 행복할줄 알았는데 대결이 없으니 심심하고, 영웅이 없는 악당 노릇은 재미가 없다는 것을 알게 된 것이다.
뭐 이런 악당이 있나 싶지만, 그래도 이런 메가마인드이기에 자꾸 마음이 가게 된다. 한번도 칭찬받지 못하고 좋아해주는 사람없이 커왔기 때문에 자신을 더 꽁꽁 싸매는데 익숙했던 것이다. 그리고 평생 해왔던 악당 노릇을 제대로 할수 없게 되자 마음의 갈피를 못잡게 됐고 마음속에 담아둔 록산느와 우연히 친해지게 되면서 숨겨왔던 착한 본성을 조금씩 드러내게 된다. 영웅을 원하는 메트로 시티와 자신을 위해 새로운 히어로를 준비하지만 오히려 더 큰 악당을 만드는 꼴이 돼 위험에 빠지게 하지만 모두의 도움으로 해결해 새로운 영웅으로 부상한다. 악당에서 영웅의 길로 들어선게 부끄럽고 어색하긴 하지만 독특한 영웅이 되어 시민들의 사랑을 독차지 하게 되는 메가마인드. 거기다 여주인공의 사랑까지 얻게 됐으니 이만하면 해피엔딩이라 할만하겠다.