소설은 비 오는 날, 도서부이자 종이접기 클럽의 부원인 세연, 모모, 소라가 학교의 귀신을 이야기하는 것, 그리고 주인공인 세연이 종이학을 접어 달라는 귀신을 직접 만나게 되며 시작된다. 이 첫 챕터인 '비 오는 날의 괴담과 판다와 종이학'은 창비어린이 통권 제69호에 실린 단편을 다듬은 것이기도 하다. 단편을 먼저 읽어 보았을 때에는 단순한 학교 괴담에 대한 이야기라고만 생각했다. 밤에 홀로 학교에 있어 보면, 왜 학교 괴담이 심심찮게 등장하는지 자연스럽게 이해하게 되기 때문이다. 학생들이 관심을 가질 만한 귀신, 괴담, 그런 소재로 무엇을 말할 수 있을까 생각하며 이 소설을 집어들었다. 하지만 이후의 전개는 학교 괴담과는 사뭇 달랐다.
세 명의 등장인물은 책도 읽고, 학교의 귀신에 대해 관심이 많은 졸업생 선배도 만나고, 왠지 비밀을 알고 있는 듯한 선생님에게도 질문을 하고, 블로그에 종이학 귀신을 적어 둔 할머니 졸업생과도 만나며 귀신의 정체를 파헤쳐 나간다. 언뜻 들으면 무슨 그런 일에 관심을 두느냐, 싶겠지만 세 명의 소녀들은 진지하게 사건에 임한다.