어둠마녀 쿠키가 부활한 후, 이제 정말 비상이다. 용감한 쿠키와 일행들은 골드치즈쿠키를 찾으러 가고, 어둠마녀 쿠키의 부하인 벨벳케이크맛 쿠키는 감초괴물 군단과 함께 대륙으로 진격한다. 모든 왕국을 파괴하고 쿠키들을 없애라는 사명을 받은 어둠마녀 쿠키의 부하들!! 그런데 벨벳케이크맛 쿠키는 이상함을 느낀다. 왜 모든 왕국을 파괴하고 쿠키들을 없애라는 것인가! 이것이 맞나! 벨벳케이크맛 쿠키가 어둠마녀 쿠키의 부하로서 어둠마녀 쿠키의 부활을 도운것은 모든것을 파괴하기 위함이 아니었던 것 같다. 왠지 벨벳케이크맛 쿠키가 어둠마녀를 버리고 용감한 쿠키 편에 설 조짐이 보인다.
한편 골드치즈 쿠키는 몸은 황금관 속에 둔채 가상세계에서 정신만 살고 있었다. 용감한 쿠키 또한 붕대를 감고 석관에 들어가 가상세계에서 골드치즈 쿠키를 만나는데, 그는 잘못된 기억을 가지고 있다. 케이크 몬스터들로 인해 도시가 폐허가되고 많은 쿠키들이 죽음을 맞이했지만, 부서진 도시 속 유일하게 남은 피라미드에 소울잼의 힘으로 방어막 안에서의 죽음이 그 순간에 멈춰있도록 만들고 가상의 세계를 창조한 것이다. 그리고 그곳에서 현실의 기억을 바꾼 채 행복하게 살아가고 있었던 것이다. 너무 충격을 받으면 그 기억을 잊거나 기억의 조작을 한다더니 골드치즈 쿠키 또한 그런 것이었다. 그러나 어둠마녀 쿠키가 부활한 이상 골드치즈 쿠키를 그대로 둘 수는 없다. 용감한 쿠키와 퓨어바닐라 쿠키는 현실을 알리고 결국 골드치즈 쿠키는 가상세계에서 나와 현실에서 깨어난다. 이 든든한 광경이란!! 이제야 모두가 뭉친듯하다. 이들은 어떻게 어둠마녀 쿠키를 막을 수 있을 것인가?
또한 모든 왕국을 파괴하기 위해 진격하던 감초괴물군단을 이끌던 쿠키가 있었으니, 이는 다크초코 쿠키였다. 이미 죽은줄로만 알았던 그 다크초코쿠키가 정말 맞는걸까? 아들이 살아있다는 것을 알게된 다크카카오쿠키는 다크초코쿠키를 만날 수 있을까? 뭔가에 홀린듯한 다크초코쿠키가 다시 기억을 되찾고 원래의 모습으로 돌아올 수 있을까? 다음편에서 이 모든 실마리가 해결될 수 있기를 기대해본다. 이제 거의 막바지까지 온 쿠키런 킹덤. 이 대장정의 스토리가 끝날날이 얼마남지 않아 아쉬운 마음이 크지만, 용감한 쿠키를 비롯한 메인 쿠키들을 한꺼번에 만나볼 수 있는 이번편이 너무 재미있었다. 이제 다음편에서 어둠마녀쿠키와 제대로 맞서싸워보자.