‘나’는 아버지, 새어머니인 ‘배 선생’, 의붓 여동생 ‘무희’와 함깨 살고 있는 평범한 고등학생이다.그는 어릴 적 친모에게 지하철 역에서 버림 받고, 그녀의 자살을 목격한 이후로 말더듬이가 되어 자신의 생각을 표현하는 것이 힘들다. 때문에 학교에서도, 집에서도 어디에도 속하지 못하고 배척되는 존재이다.
평소 새어머니의 정서적 학대를 받으며 집 안에서 조용히 살아가던 ‘나’는 여동생을 성추행한 범인으로 의심 받는다. ‘배 선생’의 신고를 피해 평소 자신이 자주 가던 빵집으로 향해 몸을 숨기고, 그 이후로 그 빵집에서 지내게 된다.
‘나’는 빵집을 운영하는 ‘점장’이 마법사인 것을 알게 되고, 그가 만드는 빵은 신비로운 효능을 갖고 있다는 것을 알게 된다.
이제 학교는 여름 방학이고, 돌아갈 곳이 없는 나’는 점장을 도우며 빵집에서 머물며 여러 가지 사건을 겪는다.
하지만 모종의 사건으로 위저드 베이커리는 문이 닫을 위기에 처하게 되고, 그렇게 ‘나’는 다시 집으로 돌아가게 되는데…….