첫 번째 사건 일지인 사라진 공기의 정체를 밝히기 위해 공기를 이루는 것들, 공기가 있는 곳을 알아보고, 어떤 물질들이 공기에 나쁜 영향을 주는지 두 번째 사건 일지에서 대기 오염 물질 X파일로 다룬다. 일산화탄소, 이산화질소, 아황산가스, 오존, 벤젠, 납 외에 미세 먼지도 대기 오염 물질로 사람의 머리카락보다 작아서 눈으로 확인하기 힘들다.
우리 주변 곳곳에 떠다니고 있는 작고 위험한 물질이 파란 하늘을 더럽힌 범인인데, 그중에서도 정말 심각한 문제인 황사는 지구 온난화와 함께 온도가 올라가면서 추운 겨울이 짧아지게 되고, 사막에 있는 모래가 날리는 시기가 앞당겨져서 예전에는 3월이 되어야 황사가 왔던 것이 지금은 11월부터 황사가 시작되고 있다. 또한 사막화 현상이 일어나는데, 비의 양이 적어서 생물이 제대로 살 수 없는 사막 지대가 점점 늘어나게 된다. 최근 중국과 몽골 지역에서 사막화 현상이 점점 심해지고 있고, 사막화가 심해지면 모래 먼지가 끊이지 않을 것이라 정말 심각한 문제이다.