합병은 원래부터 통감부의 최종 목표였다. 그러나 통감부 관리들은 합병하기 전에 의병의 반란을 진압할 계획이었다. 의병을 일소하는 가혹한 군사 행동이 1909년 9월, 한국 남부에서 착수되었다. 압도적 성공을 거둔 인정사정없는 ‘교반적(神的) 방법에 이어, 다른 지역에서도 같은 양상의 군사 행동이 연이어벌어졌다. 많은 한국인이 오늘날까지 품고 있는 일본에 대한 강한 증오심은 어쩌면 이 시기부터 비롯된 것이 아닐까 여겨진다.