말하는 강아지 찰리 9세와 도도 그리고 친구들과 선박왕 아서와 함께 떠나는 추리 여행 지금부터 시작합니다.
선박왕 아서의 특별한 부탁 덕분에 아이들은 귀빈실에서 귀족처럼 대접을 받으며 구급선인 ‘구호자호’를 타고 대서양을 여행하고 있었습니다.
특히 한 꼬마 아이가 도도의 일행을 알아 보고 영웅 대접을 받는 걸 즐기던 도도는 집사로 보이는 선원이 아이들을 내쫓으면서 마음이 상해 선원들에게 심술을 부리기도 합니다.
그러던 중 한 여자 아이가 찾아와 도도에게 선박왕 아서가 맞냐고 물으면서 이야기가 시작됩니다.
자신의 이름은 클레어이구 아빠는 선장인데 아빠를 구해달라면서 아서에게 부탁을 합니다.
아빠가 항해하다가 조난된 후 아빠의 장례식을 준비하는 중 아빠에게서 온 이상한 메시지와 사진들...
일곱 장의 사진에는 모두 선장 옷을 입은 남자가 찍혀 있는데 매번 똑같은 위치에서 똑같은 자세와 표정이지만 사진은 중년의 아저씨에서 백발의 할아버지로 변해 있었습니다.
사진을 본 아이들은 모두 충격을 받고 친구중 푸유가 클레어 누나의 아빠는 ‘버뮤다의 유령선’에 탄 것 같다고 얘기합니다.
그러다 버뮤다 유령선과 구호자호가 만나게 되는데 과연 도도와 친구들은 클레어 누나의 아빠를 구하고 버뮤다 유령선과 바다 밑 아틀란티스의 비밀을 풀 수 있을까요?