프로바이오틱스는 대부분의 사람에게는 유익한 효과를 나타내지만 일부 사람에게는 부작용을 나타낼 수 있다. 면역 기능 장애(면역억제), 장 기관 기능 장애(장벽 투과성 증가 또는 장벽 결함) 또는 당뇨병, 암, 농양 등과 같은 만성질환이 있는 환자, 장기이식 환자에서 세균성 패혈증(감염)이 나타날 수 있다.