르네와 알렉상드르 교수는 예언서를 적는 일에 몰두한다. 현재를 살아가는 두 사람은 과거에 무슨 일이 있어났는지 알고 있기에 시간 순서 혹은 주제 순서로 역사적 사건들을 기록(예언) 하게 되는데 예언서를 읽는 기사단 사람들은 아직 등장하지 않은 역사적 발명품들에 대해 어떤 것인지 감조차 가지지 못한다. 가령, 망원경이란 단어를 이해조차 하지 못하며 땅속 깊은 곳에서 석유라는 이름의 검은 피는 말이 없어도 마차를 움직이게 한다는 사실에 감탄을 금치 못하고 있다. 기사단은 둘이 적은 예언서를 읽고는 최종으로 결정된 예언서에 [꿀벌의 예언]이란 제목을 붙이게 되는데 성전 기사단 투표 결과 1표 차이로 살뱅의 예언서가 채택이 된다. 그리고 예언서를 정말 위급한 상황이 아닌 경우에는 절대 공개하지 말자는 약속을 한다. 하지만, 독일 기사단은 예언서를 탐하게 되고 이에 따라 성전 기사단과의 전쟁이 오랜 기간 지속된다. [꿀벌의 예언 2]는 과거와 현실 사이를 오가며 현실 세계에서 숨겨져 있는 [꿀벌의 예언]을 찾는 이야기가 핵심이며 꿀벌의 멸종을 노리고 모든 것을 계획하였던 인물을 마지막에 만날 수 있다.