젊고 재능 있는 왕인 이크나톤(Ikhnaton)의 종교개혁이 나라가 그때까지 경험하지 못했던 내부 격변을 초래했다. 소아시아에서 밀고 들어온 히타이트인들의 공격 하에 제국의 북부는 점차 와해되었다. 동시에 파라오의 아시아 영토 중 북쪽과 남쪽 모두에서 베두인 이민자들이 몰려들어 위험을 더 가중시켰다. 이 베두인 이민자 가운데 일부 종족은 나중에 확실히 고대 헤브라이인과 합쳐진 것으로 보인다. 여기에 히타이트인들이 끈질기게 진격해 와, 이집트의 아시아제국은 동북 삼각주의 변경에 이르기까지 마침내 완전히 분해되었다. 한편 국내의 혼란으로 제18왕조는 무너지고 첫 번째 제국 시기는 막을 내렸다(기원전 1350년).