제목에서 말하는 두 도시는 프랑스의 파리와 영국의 런던이다.
도시는 스산함과 두려움으로 가득 차 있다.
텔슨은행의 나이 든 직원 로리는 마네트 박사를 구하기 위해 프랑스로 떠난다. 가기 전 그는 마네트 박사의 딸 루시를 만나 그녀의 아버지가 살아있으며 어떤 이유에서인지 오랜 기간 감옥에 갇혀 있었다는 것을 알리고 그녀와 함께 마네트 박사를 만나러 파리로 간다.
파리에서 본 마네트 박사는 정상적인 생활을 하지 못하고 있었다. 아직도 자신이 갇혀있다 여기고 불안에 허덕이는 모습을 보였고 루시는 그런 아버지를 데리고 런던으로 가게 되는데.
런던으로 가는 배에서 그들은 찰스라는 프랑스 남자를 만나게 되고 프랑스를 자주 오가던 그는 첩자라는 누명을 쓰고 재판을 받게 된다.
그 재판에서 마네트 박사 부녀는 증인으로 서게 되고, 찰스와 똑닮은 시드니라는 사람이 변호를 맡는다. 불리했던 재판은 시드니의 재치로 끝이 나게 되고 이런 과정 속에서 찰스와 루시는 사랑에 빠진다. 그리고 안타깝게도 시드니도 루시를 마음에 품게 된다.
시드니의 고백에도 불구하고 찰스와 루시는 결혼을 하게 되고 시드니는 그 마음을 그대로 눌러둔 채 그들 부부와 가족처럼 지낸다.
세월이 지나 찰스는 하인을 돕다가 망명자라는 죄목으로 체포되었고 재판을 하면서 그의 과거가 밝혀지며 시민들의 지탄을 받고 그는 프랑스 혁명에 휘말려 결국 사형을 선고받게 된다.
그 사건으로 인해 루시까지 위험에 처하게 되자 그것을 파악한 시드니는 그녀를 위해 모종의 계획을 세운다.
바로 자신이 찰스와 꼭 닮은 얼굴이라는 것을 이용해 찰스를 감옥에서 내 보내고 자신이 감옥에 남았고 결국 그는 단두대에 오른다.
사랑을 위해, 사랑하는 여인을 위해 기꺼이 단두대로 걸어간 시드니.
자신이 사랑한 여인이 찰스라는 남자와 가정을 이루며 사는 것을 보고도 그들을 위해 죽음을 선택한 그는 어떤 마음이었을까....
프랑스 혁명을 배경으로 하는 역사 소설이라지만, 이 소설이 많이 읽히는 데엔 이런 진정한 사랑 이야기가 함께 하기 때문이 아닐까 한다.