메리가 도착한 미슬스웨이트의 고모부의 집은 암울 그 자체다.
고모부는 등이 굽어 우울증 빠진 사람처럼 메리를 보려 하지도 않았고 아무도 메리를 신경조차 쓰지 않았다.
처음 메리는 불평만 하는 고집쟁이 못된 아이였을 뿐이었지만 하녀 마샤를 통해 점점 변화하기 시작한다.
마샤의 동생 디콘은 동물들과 교감을 하는 건강한 소년이다. 그런 디콘과 교류하며 메리는 육체적으로 정신적으로 건강해지며 못된 성질은 온화해지고 살이 붙고 얼굴에 생기가 넘치게 된다.
점점 건강한 소녀로 바뀌기 시작한 메리는 어느 날 대저택에서 울음소리를 듣게 되고 얼마 후 그 울음소리의 정체를 알게 된다.
울음소리의 주인공은 고모무의 아들인 콜린.
예전의 메리처럼 깡마른 데다가 자신이 등이 휘고 곧 죽게 될 거라 굳게 믿는 열 살의 소년.
그는 침대에서 누워만 있으면서 히스테리 속을 헤매고 있다. 그런 콜린을 보며 메리는 예전의 자신을 떠올렸고 디콘이 자신을 변화시킨 것처럼 그녀는 콜린을 변화시키기 시작한다.
넓은 정원엔 십 년 동안 굳게 잠겨있는 정원이 있다. 콜린의 엄마가 가꿨던 정원은 주인을 잃고 버려져 잠겼지만 아이들은 정원의 열쇠를 찾고 비밀리에 정원을 가꾸기 시작한다. 말라죽은 줄만 알았던 정원은 아름답게 살아났고 병들었던 아이들도 정원과 함께 건강하게 성장한다,