보조금과 비영리민간단체지원법에서도 공익적 목적의 사업을 수행하고 있지만 특별한 법령의 규정이 없는 한 보조금이나 지원금은 사업비로만 사용할 수 있고 사업 수행에 필요한 인건비 등은 사용하지 못하도록 규제함으로써 시민들의 다양한 공익활동 참여를 제약하고 있다.
또 공익활동 촉진을 위해 국유 및 공유 재산을 사용할 경우에 사용료 감면 등의 특례를 제한하고 있다. 그동안은 개별법에서 특례 조항이 반영되면 특례 조항을 시행할 수 있었으나 2022년 국유재산특례제한법에서는 동시 개정을 의무화해 본 법 및 개별법 모두에서 특례 조항이 개정되도록 했다. 이는 사실상 국·공유 재산 특례 사용을 불가능하게 만들었다는 비판이 제기된다.
이 외에도 비영리 기관의 경우 영리기업과 달리민간위탁 시 위탁수수료 및 수익을 인정받지 못하고 있고, 4대 보험을 동일하게 납부함에도 불구하고 고용유지지원금과 직업훈련 등에서 지원을 받지 못하는 등의 차별을 받고 있다.- P39
